厦门医学院基础医学院最早可追溯到1953年成立的福建省厦门卫生学校设置的基础教研室，2007年成立厦门医学高等专科学校后改名基础部，2016年学校升格为厦门医学院后更名为基础医学部，2024年11月更名为基础医学院。
学院现有病理学与病理生理学教研室、药理学教研室、生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、人体解剖学与组织胚胎学教研室、病原生物学与免疫学教研室、机能学教研室等7个教研室，拥有1个省级实验教学示范中心（基础医学实验教学中心）以及机能与临床转化福建省高校重点实验室、厦门医学院呼吸疾病研究所、厦门医学院呼吸疾病精准医学协同创新中心等3个科研平台。
学院共有教职员工87人，其中专任教师70人，高级职称（占专任教师）比例48.6%，博士（占专任教师）比例48.6%，硕士及以上占（专任教师）比100%。全体教职工中，福建省高层次人才4人，福建省青年教学名师1人，入选福建省高校杰青培育计划4人，厦门市高层次人才9人，福建省高校新世纪优秀人才、厦门市高层次留学人员各2人，台湾特聘专家、台湾特聘专才、厦门本土领军人才、厦门市杰出人才、厦门市青年创新创业人才各1人。
扎实推进教育教学改革，教研成果丰硕喜人。近年来获批本科层次教育教学改革立项65项；主参编国家级规划教材10余部；建成省级一流本科课程7门。获福建省首届高校教师创新教学竞赛正高组二等奖1项、福建省第二届高校教师创新教学竞赛副高组三等奖1项、全国高校青年教师教学竞赛二等奖1项、福建省高校青年教师教学竞赛特等奖1项及二等奖1项、全国青年教师病理学教学比赛全国总决赛第一名1项，发表教改核心文章20余篇。
围绕“一系一中心、一专业一平台”建设，持续抓好科研项目申报和平台建设，科研成果持续涌现。学校升本以来，获批国家自然科学基金项目9项，省部级科研项目73项，市厅级科研项目122项；发表论文300余篇；授权发明专利18项。
接下来，基础医学院将坚持在校党委和行政的坚强领导下，秉持“护根、护学、护苗”的发展方向，以夯实医学教育基石为担当，以推动基础医学教学改革为重任，以守护青年医学生茁壮成长为使命，踔厉奋发，砥砺前行，充分发挥基础医学在我校“四尽”医药卫生人才培养中的重要作用，奋力推动我校2029年申报成为“硕士学位授予单位”。（以上数据截至2026年9月）
