药学系校内实验实训与科研平台建筑面积9000多平方米，仪器设备4000多台件，设备原值8000多万。

药学系下设实验实训中心负责实验实训教学实验室建设与管理，主要包括：药学实验实训中心（药剂学实验室、药物分析实验室、原子吸收分光光度计室、气相色谱分析实验室、静脉药物配置实训室、模拟药房、药物制剂GMP车间）；生物制药实验实训中心（基因工程实验室、生物分离工程实验室、发酵工程实验室、无菌操作室、生物药品检测实验室、细胞培养室、光学生物显微镜室和基因蛋白质发酵工程GMP车间）；中药学实验实训中心（中药炮制实训室、中药鉴定调剂实训室、药用植物园、中药标本室、生物光学显微镜室）；海洋药学实验中心（海洋天然产物分离实验室、海洋药用生物资源实验室、海洋制药学实验室、海洋药物生物技术实验室）。

药学系主要科研平台包括：海洋生物医药资源福建省高校工程研究中心；传统本草文化传承研究中心福建省高校人文社会科学研究基地；福建省中药精加工与健康产品开发研究室；厦门市中药生物工程重点实验室；厦门市海洋药用天然产物资源重点实验室；中药药物制剂研究室（校级）和闽台青草药研究室（校级）。

药学系科技创新团队：海洋药物创新福建省高等学校科技创新团队。

药学系科研项目立项情况：建系以来，承担国家自然科学基金项目2项，省部和市厅级科研项目60多项，横向科研攻关与测试项目20余项，累计科研经费约1500万元。

药物分析实验室 模拟药房

海洋药学实验室 中药标本馆

药物制剂GMP车间

基因蛋白质发酵车间