附属口腔医院为三级口腔专科医院是学校由口腔诊所于1987年建成的口腔医院，系福建省最早的口腔专科医院。现有两个院区，总院区建筑面积10000㎡，分院区建筑面积5500㎡。设有口腔医学研究所。年诊疗量30余万人次。

医院有职工350人，其中高级职称43人（正高15人），中级职称87人；具有博士学位7人，硕士学位99人。有国务院特殊津贴2人，厦门市医学学术与技术带头人和后备人选4人，厦门市拔尖人才和福建省高校教学名师各1人，有中华口腔医学会一级和二级学会的常委和委员30人。

医院科室设置齐全，设有牙体牙髓病科、牙周病科、口腔粘膜病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔种植科、口腔正畸科、儿童口腔预防保健科及相关辅助科室。口腔修复科、口腔内科是厦门市重点专科。

医疗设备先进，拥有口腔综合治疗椅220台，CAD/CAM氧化锆全瓷修复系统，意大利NEW Tom VQ口腔颌面锥形束CT机2台，数字化全景X光机2台，口腔根管显微镜15台、德国美乐口腔器械清洗机4台、椅旁CADCAM计算机全瓷修复体设备5套以及其他一大批进口医疗器械。

口腔医学研究所建有生物材料研究实验室、分子生物学实验室。近年来先后承担国家及省市级科研课题40项，多项科研成果获省市科技进步奖，编写教材和出版专著10多部。多次主办国内外学术会议。

教学工作实行“院系合一”管理体制，设有牙体牙髓病学、牙周病学、口腔粘膜病学、口腔颌面外学、口腔修复学、口腔种植学、口腔正畸学、儿童口腔及口腔预防学等8个教研室。所培养的历届口腔医学专业毕业生参加国家口腔执业助理医师考试，一次通过率平均86.1%，名列全国前茅。